酵素在不適宜的酸鹼值環境下，會有變質情況與沉澱現象，就如同鹹豆漿是豆漿加醋後，蛋白質產生被溶解而成的凝結現象。如果食用前，務必觀察酵素產品顏色有無改變或者是變質，發現酵素產品打開之後一陣子變質了，就不建議食用，以免產生食用後的身體不適。以下是酵素變質的8個原因:
1.成分因素
2.環境因素
3.發黴因素
4.包裝因素
5.保存因素
6.溫度因素
7.期限因素
8.人為因素
1.成分因素:
酵素添加太多不是酵素成分的添加物，或加入的活菌、真菌、酵母菌、益生菌的菌株品種與品質不好，容易產生所謂的生化反應導致變質，液體酵素要觀察沉澱物與漂浮物，粉末與錠狀酵素要看顏色是否有異樣，酵素成分的種類與發酵程度決定酵素是否容易變質。
2.環境因素:
酵素在不適宜的酸鹼值環境下，會有變質情況與沉澱現象。環境與製程的汙染，最常見的就是微生物汙染，會讓食品產生毒素，所以產品的良好製造環境與專業製程技術非常重要，不良的環境與製程以及微生物汙染都會讓酵素變質。
3.發黴因素:
判斷發黴現象是否變質，白色黴就是沒有變質，黑色黴是有變質，這很簡單與容易判斷，然後判斷氣味，正常發酵過程的氣味是有微香不嗆鼻的味道，如果是難聞發臭與嗆鼻的味道就是變質，。
4.包裝因素:
最常見的就是包裝封口沒封完整，與空氣接觸，產生氧化反應作用，這也是最常見的產品良率問題，液體酵素氧化後會變混濁，粉末與錠狀酵素顏色會變黃色而變質。
5.保存因素:
酵素到底能不能冷藏，相信是很多人問的問題，液態與錠狀的酵素是可以冷藏，但液體酵素開瓶後不能超過15天，錠狀酵素開封後不能超過30天。粉末與膠囊的酵素是不能冷藏，容易受潮變質，建議放在陰涼處存放，才不會變質。
6.溫度因素:
酵素怕熱，溫度只要稍微高，活性就被破壞，超過攝氏47.8度則酵素的活性完全被破壞殆盡。這點在食用酵素時，特別要注意，有人吃酵素沒有幫助是因為食用時配熱水服用，另外，尤其是室溫太高，或者日曬高溫，都會讓酵素變質。
7.期限因素:
依據食品法規的規定食品保存期限為2年，但是酵素是有活性的，建議液體酵素開瓶後，在15天內飲用完畢，不要買太大瓶，不易保存。粉末酵素包是拆封後立即食用完畢，罐裝無膠囊的粉末酵素開封後建議在30天內食用完畢，粉末膠囊酵素與錠狀酵素開封後，建議在90天內食用完畢，不能因為保存期限是2年，就可以開封後放置2年沒吃完，保存期限2年指的是未開瓶與未開封的食品，不是指已開瓶與開封的食品，不然就會很容易變質。
8.人為因素:
有心人故意或蓄意破壞的，然後意圖破壞商譽與意圖恐嚇取財，通常詐騙手法越來越精細，但是再精細還是會有破綻，要對酵素產品非常了解與熟悉，就能馬上判斷對方是否為故意或蓄意的人為因素造成酵素變質，因為有關商業機密，是酵素專家破解人為因素破壞與詐騙者的祕技，所以在此就不公開。
以上是酵素變質的8個原因，食品販售有政府的規範與消保法的保障，而實體通路與網路通路的規範與保障不同，消費者選購酵素產品時，也要同時了解各家酵素廠商販售的酵素產品所規定與公佈的退換貨辦法，才不會喪失自己應有的消費者權益。許多廠商會特別聲明，食品一經拆封，不得退換，以及強調提醒猶豫期不等於試用期，這點要弄清楚，購買的食品是不提供試吃的，而且大部分退換貨內容指的都是收到產品後未拆封前，外觀有無完整，數量是否正確，食安是我們生活很重要的一環，多一分用心，多一分安全，希望大家一起來努力把關，讓我們的食安環境更好。
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作者簡介:
作者:常濟素人
生機飲食通路15年受邀健康講師
京威素食有限公司創辦人
著作: 起死回生之法:心素食主義
國家圖書館出版品(ISBN978-986-91078-0-8平裝)，民103.09
編目:1.修身。2.素食。3.健康法。